Keadaan alam yang kering dan gersang menjadikan suatu keunikan tersendiri. Adanya padang savana yang luas, sumber air yang terbatas dan suhu yang cukup panas; ternyata merupakan habitat yang disenangi oleh sejenis binatang purba Komodo (Varanus komodoensis).
Sebagian besar taman nasional ini merupakan savana dengan pohon lontar (Borassus flabellifer) yang paling dominan dan khas. Beberapa tumbuhan yang ada di Taman Nasional Komodo antara lain rotan (Calamus sp.), bambu (Bambusa sp.), asam (Tamarindus indica), kepuh (Sterculia foetida), bidara (Ziziphus jujuba), dan bakau (Rhizophora sp.)

Selain satwa khas Komodo, terdapat rusa (Cervus timorensis floresiensis), babi hutan (Sus scrofa), ajag (Cuon alpinus javanicus), kuda liar (Equus qaballus), kerbau liar (Bubalus bubalis); 2 jenis penyu, 10 jenis lumba-lumba, 6 jenis paus dan duyung yang sering terlihat di perairan laut Taman Nasional Komodo

2. Taman Nasional Ujung Kulon

Taman Nasional Ujung Kulon merupakan perwakilan ekosistem hutan hujan tropis dataran rendah yang tersisa dan terluas di Jawa Barat, serta merupakan habitat yang ideal bagi kelangsungan hidup satwa langka badak Jawa (Rhinoceros sondaicus) dan satwa langka lainnya. Terdapat tiga tipe ekosistem di taman nasional ini yaitu ekosistem perairan laut, ekosistem rawa, dan ekosistem daratan.

Keanekaragaman tumbuhan dan satwa di Taman Nasional Ujung Kulon mulai dikenal oleh para peneliti, pakar botani Belanda dan Inggris sejak tahun 1820. Kurang lebih 700 jenis tumbuhan terlindungi dengan baik dan 57 jenis diantaranya langka seperti; merbau (Intsia bijuga), palahlar (Dipterocarpus haseltii), bungur (Lagerstroemia speciosa), cerlang (Pterospermum diversifolium), ki hujan (Engelhardia serrata)dan berbagai macam jenis anggrek.

Satwa di Taman Nasional Ujung Kulon terdiri dari 35 jenis mamalia, 5 jenis primata, 59 jenis reptilia, 22 jenis amfibia, 240 jenis burung, 72 jenis insekta, 142 jenis ikan dan 33 jenis terumbu karang. Satwa langka dan dilindungi selain badak Jawa adalah banteng (Bos javanicus javanicus), ajag (Cuon alpinus javanicus), surili (Presbytis comata comata), lutung (Trachypithecus auratus auratus), rusa (Cervus timorensis russa), macan tutul (Panthera pardus), kucing batu (Prionailurus bengalensis javanensis), owa (Hylobates moloch), dan kima raksasa (Tridacna gigas).

3. Taman Nasional Lorentz

Taman Nasional Lorentz merupakan perwakilan dari ekosistem terlengkap untuk keanekaragaman hayati di Asia Tenggara dan Pasifik. Kawasan ini juga merupakan salah satu diantara tiga kawasan di dunia yang mempunyai gletser di daerah tropis. Membentang dari puncak gunung yang diselimuti salju (5.030 meter dpl), hingga membujur ke perairan pesisir pantai dengan hutan bakau dan batas tepi perairan Laut Arafura. Dalam bentangan ini, terdapat spektrum ekologis menakjubkan dari kawasan vegetasi alpin, sub-alpin, montana, sub-montana, dataran rendah, dan lahan basah

Jenis-jenis tumbuhan di taman nasional ini antara lain nipah (Nypa fruticans), bakau (Rhizophora apiculata), Pandanus julianettii, Colocasia esculenta, Avicennia marina, Podocarpus pilgeri, dan Nauclea coadunata.
Jenis-jenis satwa yang sudah diidentifikasi di Taman Nasional Lorentz sebanyak 630 jenis burung (± 70 % dari burung yang ada di Papua) dan 123 jenis mamalia. Jenis burung yang menjadi ciri khas taman nasional ini ada dua jenis kasuari, empat megapoda, 31 jenis dara/merpati, 30 jenis kakatua, 13 jenis burung udang, 29 jenis burung madu, dan 20 jenis endemik diantaranya cendrawasih ekor panjang (Paradigalla caruneulata) dan puyuh salju (Anurophasis monorthonyx).
Satwa mamalia tercatat antara lain babi duri moncong panjang (Zaglossus bruijnii), babi duri moncong pendek (Tachyglossus aculeatus), 4 jenis kuskus, walabi, kucing hutan, dan kanguru pohon.

4. Hutan Hujan Tropis Sumatra